El órgano es un Walcker fabricado en Ludwigsburg, alemania. Presenta propiedades notables como 3565 tubos, consta de 44 registros, tres manuales y una pedalera de dos octavas y media. También cuenta con características técnicas, adelantadas para la época, cómo es la memoria electrónica que le permite al ejecutante predeterminar hasta 5 planes de registration diferentes. Estos comandos pueden ser activados digitalmente mediante botones o con los pies, por medio de muñones dispuestos en la parte inferior de la consola vecinos a la pedalera.
Cuatro meses tomó la instalación de este instrumento, tarea que estuvo a cargo de Carlos Hense, descendiente de una familia de organeros alemanes que por tres generaciones ha representado en la Argentina a la casa Walcker y, además, se ha encargado del mantenimiento de los principales órganos existentes en el país.
El concierto inaugural del órgano estuvo cargo del Maestro Luis Angel Machado, de la Universidad Nacional de Rosario, el 21 de julio de 1970.
Por otra parte, en 2017 el Auditorio Juan Victoria recibió el piano de gran cola Steinway, que tiene 2,70 metros de largo, 1,57 metros de ancho y pesa 500 kilos. Este instrumento fue una deuda que demoró 20 años en llegar.
Es un instrumento que se encuentra en la mayoría de las salas del mundo y fascina al público con sus sonidos. Este modelo constituye la simbiosis perfecta entre un cuidado trabajo artesanal, el inconfundible volumen sonoro y un modo de ejecución único que el gremio internacional de pianistas sabe apreciar.
Este piano fue estrenado por Javier Villegas y Jorge Rodríguez Danna el 5 de mayo de 2017 en un concierto abierto al público. Hay que destacar que los pianistas sanjuaninos son alumnos del departamento de Música de la Universidad Nacional de San Juan.
De esta manera, la sala principal cuenta con los instrumentos elementales para ser una de las salas más reconocidas del país.
